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根据《生态环境行政处罚办法》第七条：“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。”
在本例中，企业因不正常运行污染防治设施导致大气或水污染物超标排放，构成同一个违法行为，同时违反《大气污染防治法》第九十九条第二项“超过大气污染物排放标准排放大气污染物”和第三项“通过逃避监管的方式排放大气污染物”，或《水污染防治法》第八十三条第二项“超过水污染物排放标准排放水污染物”及第三项“通过不正常运行污染防治设施逃避监管的方式排放水污染物”。
依据《生态环境行政处罚办法》第七条，对此类法条竞合情形，不得给予两次以上罚款，应“按照罚款数额高的规定处罚”。经查，《大气污染防治法》第九十九条和《水污染防治法》第八十三条均规定罚款幅度为“十万元以上一百万元以下”，而《排污许可管理条例》第三十四条第一项亦规定相同处罚幅度，因此在多个法条罚款数额相同时，可择其一适用。
同时，根据《生态环境行政处罚办法》第八条，行政处罚种类包括“罚款、没收违法所得、没收非法财物”“限制开展生产经营活动、责令停产整治、责令停产停业、责令关闭、限制从业、禁止从业”“行政拘留”等。虽罚款仅能适用一次，但不影响其他处罚种类的并用。
此外，《排污许可管理条例》第三十四条第二项明确：“通过不正常运行污染防治设施等逃避监管的方式违法排放污染物”的，可“移送公安机关实施行政拘留”；《环境保护法》第六十三条第四项亦规定：“通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式违法排放污染物的”，“由县级以上人民政府环境保护主管部门或者其他有关部门将案件移送公安机关，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处十日以上十五日以下拘留”。
因此，针对该违法行为：
综上，依据《生态环境行政处罚办法》第七条：“对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。”
同时，依据《环境保护法》第六十三条第四项：“通过……不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式违法排放污染物的……移送公安机关，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处十日以上十五日以下拘留。”
以及《排污许可管理条例》第三十四条第二项：“通过不正常运行污染防治设施等逃避监管的方式违法排放污染物的……移送公安机关实施行政拘留。”
故虽仅能处一次罚款，但不影响同时适用其他行政处罚种类，包括行政拘留。
